次に「bot.php」を編集する

bot.phpはbotを動かすのに全ての基本となるファイルです。
このファイルを直接開いたりCRONで叩くことによりbotは動作をします。
このファイルを開くと

//botの動作をここに書いてください

という記述があるので、この下に書きます。

$response = $eb->postRandom("data.txt"); 

これは基本となるつぶやきの記述です。
この記述を入れると「data.txt」から発言を読み込んで、その中の1行をランダムにつぶやきます。
botのつぶやきはこの記述が基本となります。

$response = $eb->reply(2,"data.txt","reply_pattern.php");

これはもらった＠に対する返答（reply）の記述です。
最初の「2」はcronの実行間隔で、分単位で決めます。
サーバに負荷のかからないくらいにしておきましょう。
通常は＠をもらったらdata.txtを読み込んで、その中からランダムにreplyしますが、もらった＠がreply_pattern.phpの記述に当てはまった場合は、その設定したセリフをreplyします。
基本はこの程度で十分です。
少なくともこの2行をbot.phpに書くことで最低限の動作はできます。